El 2 de mayo de 1797 Tom es transportado por mar o por tierra desde Conil hasta cerca del Cabo Trafalgar al Hospital Real en la Isla de León en la bahía de Cádiz. El cónsul francés interviene en su nombre, pero los españoles lo siguen considerando aun como un prisionero político y montan una guardia de cinco hombres para tenerlo vigilado. En un mes, Tom puede dictar algunas cartas y cinco meses más tarde se encuentra recuperado. Finalmente, a través de la presión diplomática francesa, Muir es expulsado del territorio español el 16 de septiembre de 1797.

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