19 novembre 1796. Tom est emprisonné en tant que citoyen Anglais. Cela a dû être incroyablement déprimant pour lui. Il parvient à obtenir de l’alcool et se met à boire, ce qui lui vaut d’être transféré dans une cellule du château, à la suite des ordres du gouverneur. Il y reste enfermé quatre mois, frustré, stressé et malade. Il dort dans des conditions humides et sales, et il commence à avoir des douleurs rhumatismales. C’est peut-être grâce aux amitiés entretenues sur le continent, qu’il a reçu le soutien d'un Espagnol qui a fait preuve d’humanité en lui apportant du linge propre.  Sa santé se détériorant, il est transféré à l'hôpital militaire, mais comme le gouverneur n'aime pas ses vues politiques, il fait en sorte de garder Muir à l’écart.

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